Het hoger onderwijs in Vlaanderen schakelt zo snel mogelijk en uiterlijk tegen de start van de herfstvakantie naar code oranje. Individuele instellingen kunnen op basis van hun eigen lokale risico-inschatting nog altijd strengere maatregelen nemen. In code oranje wordt de bezettingsgraad van de auditoria en de aanwezigheid van studenten op de campus verder beperkt. Sportieve en culturele activiteiten worden opgeschort, de aanwezigheid van niet-essentiële derden op campus wordt beperkt. Onderwijs in kleine groepen, practica en labo-oefeningen blijven mogelijk. Stages kunnen doorgaan volgens de protocollen die gelden op de stageplaats.
De hoger onderwijsinstellingen zullen ook aandacht hebben voor veilige studieplekken voor studenten die pendelen. Sociale studentenzones kunnen alleen nog gebruikt worden als veilig georganiseerde studieplekken.